A "Versão de Kyoto" aconteceu vários meses depois que Kenshin se juntou ao Kamiya Dojo. Shishio Makoto planeja conquistar o Japão destruindo o governo Meiji, começando com Kyoto. Sentindo que seus amigos podem ser atacados, Kenshin vai encontrar Shishio sozinho, a fim de derrotá-lo. No entanto, muitos de seus amigos, incluindo uma jovem Oniwabanshū chamada de Makimachi Misao, decidem ajudá-lo em sua luta. ~~ Adaptado da série de mangá "Rurouni Kenshin", escrita e ilustrada por Watsuki Nobuhiro.